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uORFdb:上游開放閱讀框數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2023-05-04
uORFdb使用戶能夠直接訪問超過240萬人uORF的序列信息、圖形顯示和遺傳變異數據。它還包括另外12個物種中>420萬uORF的序列數據......


上游開放閱讀框(Upstream open reading frames ,uORFs)由AUG或近同源起始密碼子啟動,并已在大多數真核轉錄物的轉錄前導序列中鑒定。在功能上,uORF參與主要蛋白質編碼序列的下游翻譯調節,并可能作為非標準肽的來源。uORF序列的遺傳缺陷與包括癌癥在內的各種疾病的發展有關。uORFdb使用戶能夠直接訪問超過240萬人uORF的序列信息、圖形顯示和遺傳變異數據。它還包括另外12個物種中>420萬uORF的序列數據。該數據庫還包含從TCGA收集的677個癌癥樣本的全基因組測序(WGS)分析中獲得的uORF相關的體細胞變異數據。

https://www.bioinformatics.uni-muenster.de/tools/uorfdb/index.pl?



該數據庫中可以輸入基因名、轉錄本ID、SNP進行查找。以按照基因名查找為例:

l  在搜索框輸入基因名“M1EF1”,點擊


l  與該基因相關的搜索結果“Publications”和“Genes”2項



l  點擊“Publications”查看M1EF1相關的文獻。點擊“PubMed ID”跳轉至文獻頁面




l  點擊“Genes”查看不同物種中該基因同源基因信息:

l  選擇感興趣的物種后點擊“Apply”可單獨查看該物種中M1EF1的相關信息。



點擊“Model”可查看M1EF1開放閱讀框信息并進行下載:



 


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