lncRNA是一類長鏈（>200nt）非編碼RNA，作用范圍廣泛且機制復雜。lncRNA不但可以與DNA、RNA結合行使功能，還可以與蛋白結合參與染色質表觀修飾。目前，RIP、CLIP、fRIP等可用于染色質與RNA互作的研究，但是這些方法無法揭示哪些染色質與特定lncRNA相關，這也就限制lncRNA調控功能的研究。
    最近發表于《Genome Biology》的PIRCh-seq恰好解決了這一問題。該方法能夠對組蛋白特定修飾下的染色質相關RNA進行分析。研究人員采用該方法已鑒定出數百種與染色質相關的RNA，分析后發現lncRNA在這些RNA中占多數，并根據其與特定組蛋白修飾的關聯模式進行了分組。
    PIRCh-seq具體方法如下圖所示：

    首先，采用glutaraldehyde處理活細胞進行化學交聯，然后用甘氨酸淬滅（這一步是為防止染色質相關RNA的降解）。
    隨后，提取染色質，超聲破碎獲得300-2000bp的片斷，使用組蛋白修飾特異性抗體進行免疫沉淀。
    最后，除去殘留的DNA、蛋白質，對RNA進行深度測序。
    研究者采用該方法對人、小鼠染色質相關RNA進行了研究，結果表明，非編碼RNA尤其是lncRNA在染色質上富集。

    對富集的lncRNA按功能進行分類，可分為以下六類，但具體功能仍未明確：

    希望這一技術能夠為染色質-RNA互作機制的研究注入新的力量。